关键BOSS如碎星拉塔恩、女武神玛莲妮亚、满月女王蕾娜菈等，其战斗结果将决定特定支线的开启或中断。若过早击杀某些BOSS，可能导致NPC任务链断裂，无法获取关键道具或解锁隐藏结局。碎星拉塔恩是开启永恒之城诺克隆恩的关键BOSS。击败他后，陨石会砸开通往诺克隆恩的通道，进而触发菈妮支线后续的永恒之城探索阶段。若未完成菈妮的前置对话或未与狼人布莱泽协作，可能导致该支线无法正常推进。碎星战前若未触发塞尔维斯的药水任务，部分NPC剧情也会受到影响。
女武神玛莲妮亚的击败将直接影响米凯拉金针的获取。金针是压制癫火、达成完美律法结局的必要道具，而该支线需在病村少女任务中完成一系列步骤后才能触发。若在未取得纯净金针前击杀女武神，米凯拉的金针将无法获得，导致癫火结局无法逆转。女武神区域的圣树分支也是白金之子勒缇娜支线的必经之路。
满月女王蕾娜菈是主线推进至王城的必经BOSS，但其战斗本身对支线影响有限。击败她后解锁的重生机制与部分NPC的复活或转生相关。魔法师托普斯的支线需在其死亡后通过蕾娜菈的重生系统复活，否则无法继续推进。蕾娜菈的追忆可兑换关键魔法，间接影响魔法教师瑟濂支线的道具收集。
黑剑玛利喀斯的击杀会导致王城变为灰城，直接中断部分支线场景的探索。食粪者支线需在王城下水道收集诅咒温床，若未完成前置步骤而提前击杀黑剑，将无法获取其大卢恩。火山官邸的贝纳尔支线也需在王城阶段完成特定入侵任务，灰城化后这些任务将永久失效。恶兆王蒙格是鲜血王朝的守门人，其支线关联白面具梵雷的入侵任务和鲜血君王结局。若未完成梵雷的血指入侵事件直接击杀蒙格，鲜血王朝的传送支线将无法开启。
