支线古墓是游戏的重要组成部分，这些古墓通常包含复杂的谜题和机关，需要玩家运用观察力和逻辑思维才能破解。每个支线古墓都设计独特，解谜机制与环境紧密结合，例如太阳神庙古墓中的镜面反射谜题，玩家需要调整四面镜子的角度，利用光线反射激活桥梁机关，最终抵达目标平台。这类谜题考验玩家对空间关系的理解，需反复尝试才能找到正确路径。
审判凝视古墓是玩家早期接触的支线古墓之一，其核心谜题围绕升降梯展开。玩家需操作滑车和重物，通过滑轮原理改变梯子的倾斜角度。具体步骤包括拉动左侧滑车使重物上升，同时将小神像与梯子左侧连接，随后调整第二台滑车位置并攀爬至上层平台，利用自身重量降下重物，最终使梯子完全立起。这一过程需要玩家对物理机关有清晰认知，并合理规划操作顺序。
冥界之门古墓的难点在于环境互动，玩家需利用水闸控制水位变化。首先需潜水割断拴住浮板的绳子，注意躲避食人鱼攻击。随后通过调节水闸机关，使水位下降并停止水车转动，露出转轴后用绳索连接转轴与墓室门。关键在于把握时机，在水车转动拉断绳索前迅速移动机关，确保墓室门保持开启状态。此类设计体现了游戏对动态环境与解谜结合的深度思考。
渴望诸神玛雅遗迹古墓要求玩家综合运用多种技能。入口被封堵时，需从左侧道路迂回至尽头，通过水流压力变化开启闸门。水位下降后，水车转轴显露，用绳索连接转轴与墓室门，利用水流动力拉动大门。过程中需注意食人鱼威胁，并快速完成绳索连接与机关切换。这类谜题强调多步骤协作，玩家需保持对整体流程的掌控。
