舰船武器的合理配置是决定战斗效率的核心因素。游戏中的武器主要分为粒子炮、激光炮、导弹和磁轨炮四种类型，每种武器在伤害类型、射程、能耗和攻击模式上存在显著差异。粒子炮以高爆发和短射程著称，适合近距离作战；激光炮单次伤害高但能耗大；导弹具备追踪能力且能耗较低，但伤害较为平均；磁轨炮则以超远射程成为PVP风筝战术的首选。武器选择需结合舰船特性，例如晨曦阵营的舰船擅长粒子炮，而斯瓦罗斯的舰船更适合磁轨炮。
舰船的武器配置需综合考虑功率（POW）和运算力（CPU）限制。功率决定舰船能承载的武器数量和质量，而运算力影响装置和组件的搭配空间。粒子炮虽然伤害突出，但对功率需求较高，可能导致其他装备无法满载；磁轨炮功率需求较低，但依赖组件提升命中率。导弹和激光炮在能耗与输出之间需要平衡，尤其是激光炮的高能耗可能影响护盾或推进系统的运作。配置时应优先确保核心武器的运转，再根据剩余资源补充辅助装备。
护卫舰和驱逐舰机动性强，适合搭载粒子炮或导弹，利用高速贴近目标或干扰敌人；巡洋舰均衡性较好，可灵活选择激光炮或磁轨炮；战列舰则因火力槽位多，常以磁轨炮或激光炮为核心，搭配射程组件实现远程压制。需注意武器尺寸与舰船匹配，例如大型武器无法装配于小型舰船，否则会提示尺寸不合理。舰船驾照加成也应纳入考量，例如天启帝国的激光炮专精能显著提升暴击伤害。
实战中，PVE与PVP的武器配置思路差异明显。PVE任务侧重持续输出和抗性，可优先选择导弹或激光炮，搭配护盾回复装置；PVP更注重爆发与射程，磁轨炮和粒子炮的高伤害组合更常见，同时需配备电子干扰设备反制对手。会战中的后勤舰需强化护盾投射能力，而小队战则可适当加入火力超载计算机提升输出。组件槽的护盾继电器或抗性增强器能进一步优化生存与输出平衡。
例如面对高机动目标时，可换装追踪速度更快的武器；对抗护盾抗性高的敌人，则需切换伤害类型克制的武器。通过声望任务解锁其他阵营的武器设计图，能丰富搭配可能性。定期优化装配方案，结合科技研发提升属性，才能确保舰船在复杂战场中保持竞争力。
