箱子是玩家存储物品的重要道具，主要分为基础合成箱子和环境宝箱两大类。基础箱子可通过工作台使用8个木材制作，摆放成2x4矩形即可完成。这类箱子功能简单实用，适合初期物品收纳。更高级的金属箱子需要铁锭等材料，通过熔炉熔炼矿石后在工作台合成，提供相同的存储空间但外观不同。基础箱子制作简单，是玩家建立存储系统的起点。
环境宝箱是游戏中的特殊箱子，分布在不同生物群落中。猩红宝箱生成于猩红地牢，腐化宝箱出现在腐化之地，冰雪宝箱位于雪原地下，丛林宝箱则隐藏在丛林神庙。这些宝箱需要对应的环境钥匙才能开启，钥匙通常通过击败特定敌人获得。环境宝箱内含有专属武器和装备，是玩家获取高级道具的重要途径。每个世界只会生成猩红或腐化其中一种宝箱。
地牢中的宝箱分为上锁黄金箱和环境宝箱两种类型。黄金箱需要地牢怪物掉落的黄金钥匙开启，而环境宝箱需要肉山后获得的环境钥匙。地牢宝箱包含独特武器和饰品，如吸血飞刀和彩虹枪等强力装备。探索地牢时，玩家需要准备足够的钥匙，同时注意地牢史莱姆必定掉落黄金钥匙的特性。地牢宝箱的获取是游戏进程中的重要节点。
宝箱的获取方式多样，除了合成和环境探索外，玩家还可以直接带走自然生成的宝箱。使用镐子挖掘已开启的空宝箱，可将其收入背包重新放置。这种方法适用于各种地形中的宝箱，包括地表宝箱和地下宝箱。不同颜色的宝箱对应不同生态环境，内含物也各有特色。玩家在探索时应随身携带镐子，遇到有价值的宝箱可考虑整体搬回基地。
将同类物品放入特定箱子，使用不同材质的箱子作为视觉区分，能显著提升管理效率。环境宝箱中的特殊物品建议单独存放，方便后期取用。合理的箱子布局和分类系统可以节省大量整理时间，让玩家更专注于探索和建造。存储系统的完善程度往往反映了玩家的游戏进度和组织能力。
