元气骑士的隐藏关卡是游戏深度探索的重要部分，目前已知的三大隐藏关卡包括墓穴关、沼泽关和溶洞关。这些关卡仅出现在特定场景中，例如墓穴关需在遗迹地图的1-5关卡击败BOSS后触发，而沼泽关则需在森林关的献祭池中献祭武器至5点数值。溶洞关则需在冰川关卡1-5后有50%概率触发。进入这些隐藏关卡需要完成特定解谜或条件，例如墓穴关需连接相同符号的石块填满格子，而沼泽关需击败变异的哥布林祭祀。
隐藏关卡的设计往往与常规关卡不同，例如墓穴关的地面存在残缺陷阱，玩家需谨慎走位避免掉落造成伤害。沼泽关的冰面会限制移动控制，且爆炸类武器会触发顶部冰锥坠落。溶洞关的冰面同样影响移动，但额外增加了环境互动机制。这些关卡的BOSS也具备独特机制，例如墓穴关的守墓甲虫王拥有护甲回复能力，需快速破甲输出；沼泽关的变异祭司会召唤特殊弹幕；溶洞关的冰虫会吞噬冰块回血。
完成隐藏关卡可获得特殊奖励，例如墓穴关通关后解锁圣骑士三技能爆裂飞盾的碎片，沼泽关可能获得稀有武器蓝图。若全程无伤通关，还能触发额外增益效果。但若中途复活，则可能获得减益状态。隐藏关卡的资源分配也需注意，例如墓穴关的小怪极少掉落能量球，建议携带低耗蓝武器或恢复类角色。
隐藏关卡的解谜和战斗策略需结合角色特性。墓穴关推荐使用狼人或吸血鬼等具备恢复能力的角色，沼泽关建议携带冰盾或毒盾应对环境伤害，溶洞关则需速战速决避免BOSS回复。部分隐藏关卡如神庙关还需完成一笔画式谜题，需快速连接相同铭文符号。这些设计考验玩家的即时反应和资源管理能力。
