古墓探索依然是核心玩法之一。游戏中共有9座支线古墓，每座古墓都包含独特的机关谜题和平台跳跃挑战。这些古墓散布在秘鲁丛林、隐秘之城等主要区域，需要玩家在推进主线过程中逐步解锁。古墓解谜难度较前作有明显提升，涉及物理平衡、光线折射、风向控制等多种机制，部分谜题需要结合绳索箭矢、登山斧等工具才能破解。
审判凝视古墓是玩家早期接触的典型力学谜题，位于秘鲁丛林区域。该古墓核心机关是通过滑车和重物平衡系统搭建攀爬梯。首先拉动左侧滑车使远处小神像下降，将第一台车推至连接位置。接着操作第二台滑车并爬到上层平台，利用自身重量调整重物位置使梯子完全立起。太阳神庙古墓则聚焦光学解谜，需要通过四面镜子折射阳光激活机关。将1号镜子转向左侧搭建临时通路，再调整2号镜子角度补全最终路径。
隐秘之城的水下古墓考验玩家对环境的观察力。入口藏在雕像裂缝后方，需潜水穿过狭长通道。核心机关是三个可拉动的图腾手臂开关，必须按特定顺序操作：先拉动中心开关收起始祖手臂，再逆时针激活右侧开关，最后解决左侧陷阱。库阿克雅库古墓的挑战在于时间把控，需要利用风向来控制摇摆的垃圾堆撞击障碍物。打开初始风口后，要用绳索箭矢改变垃圾堆摆动轨迹，创造新的通路。
后期古墓如冥界之门结合了多重解谜元素。首先转动中央轮盘建立绳索连接，推动石磨时需精确把握跳跃时机。该机关关键在于利用断裂的绳索延长平台移动时间差。船之古墓则重现了前作的流体力学谜题，通过注水升降改变船舱结构。所有古墓通关后都能获得技能点奖励，部分还关联着装备蓝图和文物收藏。
完成全古墓探索需要充分运用求生本能标记可互动元素，在高难度模式下该功能会被禁用。建议优先解锁相关生存技能，如延长抓取时限和强化绳索强度。对于复杂的光线折射谜题，可尝试从终点反推光源路径。部分古墓存在隐藏区域，需要破坏脆弱墙面或潜水探索，这些区域通常包含稀有资源和文献。
